A partir de la promulgación de la Constitución se ha evidenciado una reivindicación creciente del principio de la participación en cualquier toma de decisión del Estado que afecte a los ciudadanos, convirtiéndose lo ambiental en un escenario propicio donde adquiere mayor fuerza este principio. En concreto, el Artículo 79 advierte que es derecho de los ciudadanos el participar en las decisiones que afecten el medio ambiente, derecho que puede ser ejercido principalmente a través de los mecanismos de participación ciudadana en la gestión ambiental contenidos en la Ley 99 de 1993. Adicional a los derechos establecidos por la Ley 99, los ciudadanos disponen de otros mecanismos importantes para participar en las decisiones ambientales que pudieran afectarlos. Uno de ellos es la Acción de Tutela que fue establecida por el artículo 86 de la Constitución Política y el otro son las Acciones Populares introducidas por el artículo 88 de la Carta Magna.
A nivel interno e institucional, existen las siguientes instancias que velan por ejercer un control sobre las actuaciones que ejerce la Corporación:
En cumplimiento de la ley 99 de 1993 y los Estatutos de la Corporación, se cuenta con la Revisoría Fiscal, cuya función está orientada a velar por la razonabilidad de los Estados Financieros de la Entidad que estén acordes con las normas de contabilidad generalmente aceptadas y en general porque se lleve a cabo el cumplimiento de las normas legales vigentes. El Revisor Fiscal es elegido por la Asamblea Corporativa para un periodo de tres años, el cual puede ser reelegido.
Cargo adscrito a la Dirección General encargado de dirigir, organizar y planear el sistema de Control Interno en la entidad, para lo cual debe realizar evaluaciones periódicas que permitan observar deficiencias y hacer las recomendaciones pertinentes a la Dirección para que se tomen los correctivos que sean necesarios.